Центр дополнительного образования Академии психологии и педагогики Южного федерального университета имеет многолетнюю историю.
В 1989 году появился спецфакультет "Практическая психология", который начал осуществлять профессиональную переподготовку специалистов в области психологии. Со временем спецфакультет стал Центром переподготовки специалистов при факультете психологии РГУ. Успешная работа Центра переподготовки послужила поводом для реорганизации его в Институт психологии, управления и бизнеса Ростовского государственного университета, это произошло 21 мая 2001 года.
После реорганизации Ростовского государственного университета (в соответствии с Распоряжением Правительства РФ № 1616 от 32.11.2006 г.) Институт психологии, управления и бизнеса стал структурным подразделением Южного федерального университета. А после объединения факультета психологии и Академии педагогического образования в Академию психологии и педагогики вошел в состав Академии психологии и педагогики ЮФУ под наименованием Центр дополнительного образования АПП ЮФУ (2016 год).
Руководителем Центра дополнительного образования АПП ЮФУ является канд. псих. наук, доцент кафедры психологии управления и юридической психологии, руководитель основных программ профессиональной переподготовки и повышения квалификации, реализуемых в ЦДО АПП Михайлюк Елена Борисовна.